Zymo Research udostępniła społeczności mikrobiologów środowiskowych kod źródłowy strumienia przetwarzania danych VirSieve™ Bioinformatics Pipeline w celu promowania międzynarodowej współpracy i wsparcia w określaniu szczepów SARS-CoV-2 w ściekach. VirSieve™ jest zautomatyzowanym strumieniem obliczeniowym, wykorzystującym odczyty sekwencjonowania wirusa SARS-CoV-2 w próbkach ścieków w celu lepszego rozpoznania wariantów wirusa obecnych w monitorowanych społecznościach. Poprzez ocenę wiarygodności obserwowanych mutacji wirusowych oprogramowanie może potencjalnie znacznie zwiększyć dokładność analizy wszelkich zmian w wirusowym materiale genetycznym.
Według danych Ośrodków Kontroli i Prewencji Chorób, pomimo ogromnego pozytywnego wpływu szczepionek na zahamowanie pandemii SARS-CoV-2 w USA, wciąż pojawiają się nowe szczepy wirusa. Niektóre z tych odmian, np. B.1.1.7, zostały zakwalifikowane, jako „warianty niepokojące” ze względu na udowodnione zwiększone rozprzestrzenianie się, patogeniczność lub odporność na szczepionki. Metoda sekwencjonowania nowej generacji w ściekach okazuje się być najskuteczniejszym rozwiązaniem dla nadzoru przypadków w danej społeczności w czasie zbliżonym do rzeczywistego.
Sekwencjonowanie wirusów w ściekach jest trudne z powodu fragmentacji i degradacji wirusowego RNA, co często prowadzi do błędów w procesie sekwencjonowania, które ostatecznie manifestują się jako fałszywe mutacje. VirSieve™ pozwala zidentyfikować te pozorne warianty i oznaczyć je jako mało wiarygodne lub niewiarygodne, pozwalając badaczom na identyfikację szczepów o wyższym stopniu wiarygodności. Do celów bezpiecznego pobierania i transportu próbek ścieków w temperaturze otoczenia Zymo Research oferuje również DNA/RNA Shield™, odczynnik, który zabezpiecza wirusowe RNA przed dalszą degradacją po uprzedniej inaktywacji każdego wirusa.
„Zymo Research już wcześniej opracowała dostępne publicznie narzędzia programowe, takie jak Zymo Research Transmit Program, oprogramowanie typu open source do przesyłania wyników testów COVID-19 poprzez system raportowania zdrowia publicznego CalREDIE – zauważył dr Michael Weinstein, dyrektor ds. laboratoryjnych systemów informacyjnych i kierownik projektu VirSieve™ Pipeline w Zymo Research. – VirSieve™ jest kontynuacją nieustannych starań Zymo Research zmierzających do zapewnienia maksymalnego wsparcia dla działań podejmowanych w odpowiedzi na pandemię na całym świecie. Uważamy, że technologia ta ma potencjał, aby być wykorzystywana nie tylko do monitorowania wariantowych szczepów wirusa SARS-CoV-2 w ściekach, ale również innych wirusów w przyszłych działaniach na rzecz zdrowia publicznego”.
„Uzyskanie dokładnych danych o szczepach z próbek klinicznych lub ścieków jest podstawą do właściwego umiejscowienia wariantu wirusowego w kontekście wszystkich innych odmian wirusowych i informowania o pracach nad śledzeniem patogenów” – dodał dr Christopher Mason, prelegent firmy Zymo Research i współdyrektor WorldQuant Institute for Quantitative Prediction oraz profesor fizjologii i biofizyki w Weill Cornell Medicine.
Więcej informacji na temat strumienia VirSieve™ można znaleźć na >stronie internetowej firmy Zymo Research lub uzyskać pod adresem e-mail tech@zymoresearch.com.
Więcej informacji na temat produktów do walki z COVID-19 firmy Zymo Research można znaleźć pod następującymi linkami:
Źródło: Zymo Research Corp.
